98%的摩尔多瓦人信奉东正教。早在摩尔多瓦公国时期，东正教的影响就已深入人心。东正教组织主要有：俄罗斯东正教教堂摩尔多瓦辖区、俄罗斯东正教教堂、莫罗勘教派、亚美尼亚－格里高里教堂。 此外，1.5%的摩尔多瓦人信奉犹太教、0.5%的人信奉其他宗教。其他宗教组织有：犹太教协会、黑间（指印度教中的第8个守护神）意识国际协会等。